色素體金褐色、黃褐色或黃綠色，同化產(chǎn)物為白糖素及脂肪，
大多數(shù)運動的種類和繁殖細(xì)胞具鞭毛2條，1條或3條的很少，靜孢子的壁硅質(zhì)化，由2片構(gòu)成，頂端開一小孔。
1.多為單細(xì)胞或群體，少數(shù)為絲狀體，多數(shù)種類具鞭毛，能運動。鞭毛兩條，等長或不等長；一條或三條的很少。
2.細(xì)胞裸露或在表質(zhì)上具有硅質(zhì)化鱗片、小刺或囊殼。大多數(shù)種類為裸露的運動細(xì)胞，在保存液中會失去幾乎所有細(xì)胞特征。
3.色素除葉綠素a、c、b-胡蘿卜素和葉黃素等以外，還有副色素，這些副色素總稱為金藻素Pycockysin。金藻的色素體僅一個或二個，片狀，側(cè)生。貯存物質(zhì)為白糖素和油滴。白糖素呈光亮而不透明的球體，稱白糖體，常位于細(xì)胞后部。細(xì)胞核一個。液胞一個或兩個，位于鞭毛的基部。
金藻
4.單細(xì)胞種類的繁殖，常為細(xì)胞縱分成二個子細(xì)胞群體以群體斷裂成二個或更多的小片，每個段片長成一個新的群體，或以細(xì)胞從群體中脫離而發(fā)育成一新群體。不能運動的種類產(chǎn)生動孢子，有的可產(chǎn)生內(nèi)壁孢子（靜孢子）Statospore，這是金藻特有的生殖細(xì)胞，細(xì)胞球形或橢圓形，具二片硅質(zhì)的壁，頂端開一小孔，孔口有一明顯膠塞。