微生物菌肥通過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機酸等酸性物質(zhì)，促進團粒結(jié)構的形成，并能改善土壤的通氣狀況，促進有機質(zhì)、腐殖酸和腐殖質(zhì)的生成；微生物在土壤中物質(zhì)、能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色，能夠活化土壤有機與無機養(yǎng)分，分解有機物，釋放養(yǎng)分，增加養(yǎng)分的有效性；大家都知道，我國的農(nóng)業(yè)復種指數(shù)高，兩年三熟，一年兩熟，有些地區(qū)甚至一年三熟。這么高的復種指數(shù)，土地早已經(jīng)不堪重負！很多人發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)在即使使用再多的化肥和農(nóng)藥，土地作物產(chǎn)量也沒有明顯提升。

復合微生物肥料、生物有機肥內(nèi)含的多種功能性微生物進入土壤后，在生長繁殖過程中產(chǎn)生大量的次生代謝產(chǎn)物，這些產(chǎn)物能夠促進土壤團粒結(jié)構的形成。團粒結(jié)構的形成使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協(xié)調(diào)，減少土壤板結(jié)，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發(fā)展，為農(nóng)作物提供舒適的生長環(huán)境。土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而較大限度促使有機物分解轉(zhuǎn)化，產(chǎn)生多種營養(yǎng)物質(zhì)和刺激性物質(zhì)，反過來又刺激微生物的生長發(fā)育，促進作物生長，而達到增產(chǎn)增收的目的。

另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優(yōu)勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發(fā)生病害的程度，進而起到增加產(chǎn)量的目的。

復合微生物肥料是把無機營養(yǎng)元素、有機質(zhì)、微生物菌有機結(jié)合于一體，體現(xiàn)無機化學肥料、有機肥料以及微生物肥料的綜合效果，是化解土壤板結(jié)現(xiàn)象，修復和調(diào)理土壤，提高化學肥料利用率，減少江河污染，減少病蟲害發(fā)生，增強農(nóng)作物的抗逆能力，提高農(nóng)作物果實品質(zhì)和產(chǎn)量的首選肥料。因此微生物菌劑是改善土地效果的良藥。