微生物菌肥是以微生物的生命活動導(dǎo)致作物特定肥料效應(yīng)的一種制品，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用肥料的一種。它有以下特殊作用：

一、提高化肥利用率：隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產(chǎn)量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學(xué)家一直在努力探索提高化肥利用率達(dá)到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據(jù)我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。

二、綠色食品生產(chǎn)：隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質(zhì)量提高的要求，國內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)來生產(chǎn)安全、無公害的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過程中要求不用或盡量少用化學(xué)肥料、化學(xué)農(nóng)藥和其它化學(xué)物質(zhì)。它要求肥料保護(hù)和促進(jìn)施用對象生長和提高品質(zhì)；其次不造成施用對象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。三、改良土壤：微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質(zhì)，占土壤有機(jī)質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機(jī)膠體結(jié)合在一起，可以改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質(zhì)形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。